Yaiba Kurogane berlatih keras di hutan untuk menjadi seorang samurai sejati. Sekembali ke Jepang, ia tinggal bersama keluarga Mine yang memiliki hubungan dengan ayahnya, Kenjurou. Ia tinggal bersama Sayaka, putri keluarga Mine. Suatu hari, saat Yaiba pergi ke sekolahnya Sayaka, ia bertemu dengan Takeshi Onimaru, seorang yang ahli kendo. Sejak itu, keduanya sering berselisih dan kekuatan kuno bangkit seolah-olah merespon keduanya yang menginginkan kekuatan. Pedang Dewa Petir dan Pedang Dewa Angin bangkit, mengguncang langit dan bumi. Kisah baru Yaiba dimulai.